种种迹象表明，清人所编写的《明史》问题很多。著名历史学家孟森认为，自古以来，朝代更替之际，后代在修前代历史的时候，在涉及到新朝的地方，无一例外都要有所隐没，但是大多数情况下涉及的年代不长，所有隐没的地方，后人在读史的过程中也能发现并了解，从来没有像《明史》这样，隐没一代史的全部。

我们现今的许多观点，都是从《明史》出发，并打上了阶段斗争的烙印，存在不少失实之处。而人们在读史的时候，往往简单从事，盲目从事，对明代历史的认识，存在不少误区。

比如许多人认为东林党人是清流、是正人君子。事实上东林党是一个致力于权力斗争的地下党，是山头，是帮派，是明代政治的毒瘤，是明末乱相的根源。

比如许多人认为万历是一个懒惰的皇帝，称为“万历怠政”。事实上万历并没有放松对朝政的处理，只是习惯在幕后操纵，他有许多值得称道的政绩，而他不喜欢上朝的一个重要原因，是为了躲避无处不在的党争的骚扰。

比如有许多人认为女真人的崛起归功于努尔哈赤的英明和女真强大的战斗力，事实上，努尔哈赤乃是利用李成梁与他的主仆关系，在李成梁的支持上发展壮大的，其后又不断用糖衣炮弹从内部攻破明朝的堡垒，明金之间的战争，每一场战争都有奸细的破坏，这是明朝战事不利的重要原因。

比如有许多人认为天启昏庸，把权力交给魏忠贤，事实上，天启解决东林党的问题是净化朝政的必要之举，此后朝政走上正轨，内政外战均有起色。

比如许多人认为魏忠贤是太监专权的典型，他迫害忠良，扰乱国政，对明朝伤害很大。事实上，明代有重用太监的传统，太监在明代历史上的供献不容抹杀。魏忠贤是按照天启的意志办事，与他斗争的东林党人并非善类，在他受重用的期间，对外取得宁锦大捷，对内有重修故宫三大殿的盛事。

比如许多人认为袁崇焕是抗金明族英雄，被中了反奸计的崇祯残忍杀害，崇祯自毁长城导致亡国。事实上，袁崇焕的“战绩”大多经不起推敲，他极力主张议和，并擅做主张，胆大妄为，做了许多出格的事情，所谓反奸计，没有任何根据，在他那个时代，他是无争议的罪人，在现代他是极有争议的英雄。

比如许多人认为宁远战役、宁锦战役是袁崇焕的光辉战绩，事实上，宁远战役中明军损失极大，而宁锦战役时袁崇焕在后方，宁锦大捷的主要功臣是满桂的赵率教，宁锦战役发生的原因是因为袁崇焕议和招致对方以战求和。而在宁锦大捷中力挽狂澜、居功至伟的满桂是袁崇焕的死对头，在战前和战后，都遭到袁崇焕的疯狂排挤。

比如许多人认为袁崇焕力主出镇关外，挡住了女真人的疯狂进攻，使明朝延续了十多年。事实上，在关外大量修筑城堡耗费了巨大力力物力，耽误了野战军的培养煅造，使明朝失去了野战争锋的能力，而关外的城堡，因为后金一心求和才存在了一段时间，一旦发生战事，往往沦为后金围点打援的理想场所。